Choisi parmi les enseignants-chercheurs (sans condition de nationalité, ni d'appartenance à l'établissement), le président est élu pour 4 ans à la majorité absolue des membres élus du Conseil d'administration, tous collèges confondus. Il pourra être réélu une fois pour une durée identique.

Organe décisionnel de l'université, il détermine la politique générale de l'établissement.

Le CS oriente et anime la politique de recherche de l'université.

Le CEVU est le seul conseil qui offre une parité de représentation aux enseignants et aux étudiants ; d'ailleurs son vice-président est assisté par un vice-président délégué étudiant élu. La place que le CEVU accorde aux étudiants reflète son double centre d'intérêt : la politique pédagogique de l'université en formation initiale et continue ainsi que la vie estudiantine.

Instauré par la loi LRU, le Conseil d'orientation stratégique est une instance consultative qui a pour but de conseiller l'université sur l'ensemble de sa politique, notamment pour ce qui a trait au volet international et aux enjeux liés à l'insertion sociale et professionnelle.

L'université Stendhal compte des chargés de mission dans différents domaines. Ils sont nommés par la Présidente et font partie de l'équipe présidentielle.

Le Directeur général des services est nommé par le Ministre de l'Education nationale, sur proposition du Président.

Comptable public, il est nommé sur proposition du Président par arrêté conjoint du Ministre de l'Education nationale et du Ministre chargé du budget.